Αποστολή του ΠΜΣ αποτελεί η προαγωγή της επιστήμης της Γεωπονίας με προσανατολισμό τις νέες τεχνολογικές εξελίξεις, τις εξελίξεις στους τομείς της οικονομικής και κοινωνικής ανάπτυξης και τις τεχνικές και κοινωνικές διαδικασίες ανάπτυξης του αγροτικού χώρου και ιδιαίτερα των αγροτικών – ακριτικών περιοχών σε συνέχεια της αποστολής του οικείου Τμήματος (ΦΕΚ 179/6-9-1999 Π.Δ. 208 άρθρο 1).
Ειδικότερα, ως αποστολή́του ΠΜΣ είναι:
- Η άμεση σύνδεση της διδασκαλίας και της έρευνας στις τρεις ειδικεύσεις του ΠΜΣ με την ανάπτυξη της επιστήμης και της τεχνολογίας.
- Η δημιουργία επιστημονικού́ δυναμικού́ υψηλού επιπέδου με καθορισμένο προσανατολισμό που θα στελεχώσει φορείς έρευνας, ανάπτυξης και εφαρμογών των γεωπονικών επιστήμων.
